En 1940 el Ministro de Educación de aquel entonces: Jorge Eliecer Gaitan, realiza un balance del sistema educativo, y señala algunos de sus principales problemas, entre ellos, la difícultad para los sectores menos favorecidos de ingresar a la Universidad.

Esta fecha es demasiado importante pues se creó el Supremo Consejo de la Universidad Colombiana donde se impartiría un reglamento esencial a partir de esa fecha: Se estipuló que no podían existir diferencias de Pensum ni de programas, ni de intensidad en los estudios, ni en la escala de calificaciones en cada una de las Universidades Oficiales.

En 1947 el economista Antonio García Nossa plantea el proyecto de crear un Colegio Municipal.
Garcia Nossa, era amigo de Jorce Eliecer Gaitan diseñando junto a él el llamando "Plan Gaitán".

El proyecto del economista Antonio Garcia Nossa fue sustentado a finales de enero de 1948, y aprobado por unanimidad. De allí se expone el Acuerdo número 10 de febrero de 1948, mediante el cual se creó el Colegio Municipal de Bogotá.

Es asesinado el lider Jorce Eliecer Gaitan y trae consigo la llamada violencia. Pero no solo hubo un desorden social, sino también político, económico, influyendo así en lo que vendría después para la historia de la Universidad.

En Julio del año 1948 después del acontecido <<Bogotazo>> se da inició a clases al Colegio Municipal acogiendo a 300 estudiantes.
El nombre del Colegio Municipal es cambiado y se le añade el Jorge Eliecer Gaitan en honor al lider asesinado. Todo esto debido a un acuerdo del Concejo de Bogotá.
Además se escucha el nombre del primer rector: Gabriel Anzola Gómez.

El Antiguo rector Gabriel Anzola deja su cargo para esté año (1950) y es nombrado así como nuevo rector el jesuita Daniel de Caicedo.
Siendo esté año donde por primera vez ya no se escucha el nombre de Colegio Municipal sino Universidad Municipal de Bogotá.

El rector Daniel de Caicedo, obtiene la personería jurídica y presenta los estatutos incluyendo por primera vez el nombre "Francisco José de Caldas", en honor al popayanes, cuna del insigne mártir.
Además la Universidad se trasladó de los predios del Colegio Municipal a la Casa Navarro, actual sede del Instituto Pensar de la Universidad Javeriana, donde funcionó hasta 1954.

En 1953 se graduaron los primeros estudiantes, quienes ingresaron rápidamente a laborar en empresas públicas y privadas, relacionadas con los asuntos forestales, topográficos y electrónicos. Entidades como el Ministerio de Agricultura o Inravisión fueron algunas de ellas. Entre los egresados estaban Germán Clavijo, Ramón de Luyz Nieto y Gonzalo “el tigre “ Pérez.

En 1955 bajo el mandato de Gustavo Rojas Pinilla, Bogotá pasa a ser nombrada como un Distrito Especial, por ende todas las entidades municipales pasaron a ser denominadas como “distritales”. Naciendo así el nombre de Universidad Distrital Francisco José de Caldas.
A su vez en este año la Universidad reanudo actividades en las antiguas oficinas de los Ferrocarriles Nacionales.

En 1957, la Universidad empezó a ser reconocida como una institución educativa del orden superior, de carácter estatal.

En diciembre de 1960, se adquirió la sede de la calle 40, y posteriormente un lote adyacente de propiedad de la Secretaría de Obras Públicas, que con el tiempo fue llamado “Patio Bonito”. Durante esta década se adquirió la sede Venado de Oro, ubicada en la avenida circunvalar, al oriente del barrio La Candelaria.

En 1968 el Alcalde de Bogotá de aquel entonces: Virgilio Barco, intentó cerrar la Universidad para convertirla en un instituto tecnológico, iniciativa que fue rechazada por la comunidad académica.

En 1972 se abren las Facultades de Ingeniería de Sistemas y de Ingeniería Industrial, además el Departamento de Ciencias Fundamentales da inicio a varias careras destinadas a la formación de maestros.

El crecimiento de la Universidad ocasionó graves problemas presupuestales, diferencias entre los grupos académicos y políticos, lo que llevó a la institución a una crisis que tuvo como desenlace el cierre llevado a cabo en mayo de 1979, por orden del Alcalde Mayor Hernando Durán Dussán.

Durante el cierre, se realizó una re-estructuración de la Universidad y en 1982 se dio apertura a una nueva etapa de la institución. En 1984 se inaugura la sede Macarena en donde se ubicarán hasta mediados de los años noventa, buena parte de las carreras de Ingeniería y Licenciatura.

En la década del noventa se inició un proceso de transformación y modernización que implicó nuevas reformas, además de la creación de la Facultad Tecnológica, También se construyó una moderna edificación para la Facultad del Medio Ambiente y Recursos Naturales. “Patio Bonito" fue demolida para construir el edificio administrativo y las instalaciones de la sede Sabio Caldas. Al mismo tiempo se ampliaron los programas de postgrados que se habían iniciado a finales de los años ochenta.

En 2001, también se dio apertura a la emisora de la Universidad, como medio de difusión de la institución.

La Academia Superior de Artes de Bogotá se integra a la Universidad, en principio como parte de un convenio y desde 2005 como Facultad de Artes ASAB.

En 2010, la Universidad adquirió los predios del antiguo Matadero Municipal de Bogotá, allí, transformó un lugar que se encontraba en el abandono, en la biblioteca central de la Universidad, cuya sede se conoce con el nombre de "Aduanilla de Paiba".
Además en esta época se da inició a tres programas de Doctorados: Doctorado en Educación, Doctorado en Ingeniería y Doctorado en Estudios Sociales.

En el año 2017 es inaugurada la sede el Porvenir, ubicada en la localidad de Bosa, beneficiando así a más de 8.000 bachilleres.

Es claro que a lo largo de su historia, la Universidad ha atravesado distintos momentos de crisis, en donde estudiantes, profesores, trabajadores y personal administrativo, han sido fundamentales para que el legado inspirado en Antonio García Nossa, Jorge Eliécer Gaitán, y el presbítero Daniel de Caicedo, continúen vigentes y en permanente transformación y crecimiento.